现实中很多企业的上层架构是比较复杂的，特别是大公司，公司越大，架构基本上也是越复杂。公司的上层架构组成拆解后，大体上可以分为两种情况，一是自然人直接控股，二是通过控股公司间接控股。两种架构分别有什么优劣势呢？下面我们分几种情况来比较。
实体公司分红给直接股东
假如实体公司盈利，将账面上的未分配利润分红给直接股东，该怎么交税?
如果是自然人直接控股的情况，自然人股东需要按“利息、股息、红利所得”交20%的个税，而公司间接控股中的持股公司收到实体公司的分红，享受免税待遇(居民企业之间的投资分红，免征企业所得税)。
实体公司转增实收资本/股本
假如实体公司账面有未分配利润，股东想将未分配利润转增实收资本/股本，税又该怎么交呢?
如果是自然人直接控股，自然人股东需要补交20%的个税！但是如果是公司控股，持股公司是可以享受免税待遇的！(因为在税法的角度，未分配利润转增实收资本/股本，是公司先向股东分红，再进行增资。)
从以上两个方面来看，自然人直接控股存在较为明显的弊端，分红要交税，转增股本要交税，而控股公司直接控股却可以巧妙地避开这些弊端。在现实经营当中，确实有很多企业都会选择用持股公司来控股实体公司的情况，那是不是所有公司都建议选择间接控股呢?
答案是否定的。
在自然人控股的情况下，如果自然人股东出售实体公司，且实体公司账面为盈利的状态，自然人股东只需要交20%的个人所得税，相反，如果是公司间接控股，出售实体公司要交25%的企业所得税，持股公司股东再交75%*20%=15%的个税，合计税负40%！由此可见，这种情况下得出的结论和上述结论是相反的。
当然，现实中企业还要考虑增值税等其他因素的影响，企业要综合各方面因素进行评估，做出正确的选择。
